清朝入关伊始，南方的军事抵抗行动一直未结束，尤其东南沿海郑氏一族以厦门、金门为据点，通过各种手段与清朝抗争。为防止郑氏势力之侵扰，清廷颁行了一系列严厉的海禁政策，但随着郑成功夺取台湾，迁海令不仅无法重创郑氏集团，更为祸沿海地区。

1644年，满清入关后取得中原控制权，但是南明势力庞大。此刻的中国有两大政权分别宣称其代表中国唯一的正统，并竭力角逐作为中国正统王朝的地位。

为了迅速奠定属于清朝的天下，清廷频频发动战争，但效忠于南明小王朝也屡屡反击，在桂王于广东肇庆即位为永历帝时，期间瞿式耜、李定国、郑成功及其他明将先后收复华南各省。

1649年，各地抗清势力南明尽丧江西、湖广一带，西北一带抗清势力也被清军压制，只有郑成功势力有所发展。

对于郑氏，都察院左都御史职王永吉奏报：“（郑）从前飘泊海岛，脚跟不定。今得盘踞于漳、泉、惠、潮之间，用我土地养彼人民，用我钱粮练彼精锐，养成气候，越显神通，将来求索粮饷，扰害地方，胁迫官吏，目无王法，日强日骄，何所不至。稍不遂意，乘机构会，借口挑激，顿呈逆谋，此必然之理，必至之势也……”

清廷多次前去招降，均遭到断然拒绝。为了切断当地民众对明郑势力的支持，清廷于1652开始禁海，“凡浙、闽、广东海寇，俱责成防剿。其往来洋船，俱着管理，稽察奸宄，输纳税课。若能擒馘海中伪藩逆渠，不吝爵赏……”

但是效果不是很好，宁海依旧是反清复明的基地，骚扰终日不断，鉴于各地情形，清廷认为郑成功能够多次在沿海袭击清军，是因为沿海人民的支持和接济。为了断绝沿海地区居民与郑成功的联系，1656年，清廷颁布禁海令“不许片帆入口，一贼登岸”，清廷解释称“若不立法严禁，海氛何由廓清？自今以后，各该督抚镇着申饬沿海一带文武各官，严禁商民船只私自出海。”而且“有将一切粮食货物等项与逆贼贸易者，或地方官察出，或被人告发，即将贸易之人，不论官民，俱行奏闻处斩，货物入官，本犯家产尽给告发之人。其该管地方文武各官，不行盘诘擒缉，皆革职从重治罪。地方保甲，通同容隐，不行举首，皆处死。”

然而令清廷尴尬的是，就在清军将兵力集中西南之时，1658年，郑成功北上展开长江战役，意图夺取南京。虽然郑成功未能成功，此战役政治影响却不可低估。它动摇了东南半壁，顺治也为之惊惶失措，据说甚至一度打算退出中原。

清廷险胜之后，郑成功再次退回金门、厦门，他仍然拥有一支相当强大的军事实力，特别是水上舰只损失并不多。凭借海上优势，郑氏击败了达素带领来攻的清军。但是西南永历朝廷一蹶不振，郑军有效控制的沿海岛屿无法支持一支庞大军队的后勤供应。为了继续同清廷抗衡，郑成功驱赶了台湾岛上的荷兰人，收复了台湾。

这个决策无比正确，就在收复台湾之前，郑氏降将黄梧向清廷建议“平贼五策”，内容包括长达20年的迁界令，自山东至广东沿海廿里，断绝郑成功的经贸财源；毁沿海船只，寸板不许下水；同时斩成功之父郑芝龙于宁古塔（今黑龙江省牡丹江市）流徙处，（一说斩于北京菜市口，即今府学胡同西口，元代以来的刑场）；挖郑氏祖坟；移驻投诚官兵，分垦荒地。

清廷采用了迁界的提议，当年秋天，以江南、浙江、福建、广东四省逼近明郑“贼巢”而不时受到侵犯、百姓不得安宁的理由，将山东至广东的沿海居民内迁三十里。为了断绝迁民后顾之心，界外的房屋全部焚毁一空。并且再次申明“片板不许下海”。

时任兵部尚书苏纳海与侍郎宜理布受清廷命令迁往四省沿海进行迁移范围的划定。1662年到1664年，清廷几次重申迁界令，“期三日尽夷其地，空其人民”。

清廷对迁界之处作出明文规定：筑造墩台，五里一墩，十里一台，开挖界沟设立木桩，以别内外界区，重兵设防，越界者斩，界外的民屋毁为平地。同时，清廷强令界内未纳入移民的百姓应参加建造墩台和开挖界沟等劳役，以责任制形式指定某乡造某墩某台，在材料消耗上每建一墩或台需银一、二百两。

迁界令意图割断明郑政权的与清朝占据的中国大陆的交通，目的是让郑成功粮饷物资来源枯竭，最后迫使其山路五商、海路五商无法经营。

在郑氏收复台湾之初，由于耕地不足、两岸联系不便，郑氏一度面临着相当严重的粮食危机，他们终结荷兰殖民者的蔗糖业，转而开始屯垦，这一举奠定了台湾日后的农业基调。在这之后，郑氏充分利用了台湾的地理优势，郑氏的船只络绎不绝于东、西两洋进行贸易，与日本、逞罗、安南、菲律宾、柬埔寨等国家都有通商关系，把台湾的土特产，如鹿皮、鹿脯、樟脑、硫磺、蔗糖等远销海外，换回铅铜等所需要的金属货物。尤其日本，更是郑成功从海外贸易中获得最多收入的一个主要贸易伙伴。可以说，郑氏对台湾的开发使得明郑仍然可以以军屯田自给自足，以贸易往来获得收入。

但是对于沿海百姓就是另一番光景了。世代而居的民众离开故土仓促奔逃，野处露栖，“死亡载道者以数十万计”。同时，他们的离去致使沿海地带空虚，海盗趁机活动，沿海社会治安更加不得安宁。

而且因迁界导致土地荒废的数字也是惊人的，根据资料可知，广东、福建两省就荒废576万余亩土地，浙江省丧失上千亩良田。渔业与盐场也遭到毁灭性打击，“渔者卖妻鬻子，究竟无处求食，自身难免，饿死者不知其几”，福建居民被迫体验低盐饮食。

其实迁界对清朝自身伤害也很大。《清初的迁海》一文指出，界外土地全部抛荒，如果考虑到盐课、渔课、商税等方面的减额，再加上浙江、江南、山东各省的数字，清政府在赋税方面的损失肯定是相当大的。当时，清朝廷因为连年用兵，财政入不敷出。1661年食言自肥，恢复了明朝剿响，加赋五百多万两。在这种情况下，清政府采取了责令界内居民摊赔的办法来弥补部分缺额。“其（界外）四十里之岁课，同邑共偿之。至有所偿过于其土著者。……自江南达东粤数千里，盐场在界内者勿论，其界外缺额商赔之”查东山衣鲁春秋。“惟以浙、闽、山东等处因迁而缺之课额均摊于苏、松不迁之地，日摊派，而盐课之额极重矣”。

这未损到敌人反而损伤自身的迁界禁海令一直遭到沿海民众的抵制，毕竟江浙地区需要台湾的糖以及原材料，而台湾的生活用品大多来自江浙，在厦门拥有基地的郑氏遂克服了制约海峡两岸海上交通的各种因素，另一方面在台汉人大量增加，两岸的交通和贸易活动反而形成了一定的规模。清方守边将士为求得安静宁谧则私下放宽禁令：“虽汎地谨防，而透越不时可通，有佩鞍穿甲追赶者，明是护送；即巡哨屡行，有耀武扬威才出者，明使回避。故台湾货物船料，不乏于用”台湾外纪》卷十五。一位当时的福建乡绅在诗中不无讽刺地说“闽海昔迁徙，流离我黔首。高栋灰咸阳，寒烟昏白昼。四郡美田园，割弃资通寇。拒门撤藩篱，阶除议战守。群盗方椰渝，佃渔态奔走。流亡死内地，穷蹙遑相救？”

清廷内部也有人一直反对禁海令，因此在长达20年的迁界过程中曾经出现过局部的反复。当1681年三藩之乱平定，台湾郑氏不足以对清朝统治构成威胁后，开界的问题才再次提上日程。2年后郑克爽降清以后，清廷决定全面复界，迁界的历史正式结束。